مجموعه آثار مهدی بازرگان در ۳۵ جلد جمعآوری شده است. بنیاد بازرگان، بیش از سیصد عنوان کتاب از او را نام برده که بیشتر آنها در آغاز سخنرانی بوده و سپس با ویرایش و تکمیل منتشر شدهاند.
بسیاری از این آثار کمحجم هستند و در دوران پیش از انقلاب در قالب کتابهای ارزانقیمت جیبی انتشار یافتهاند.
بررسی تاریخی و جغرافیایی کلیسای رسمی (تاریخ کلیسا)
شکنجه و آزار در تاریخ عمومی کلیسا، شهادت
تفتیش عقاید