انجیل یوحنا از نظر ساختار و محتوا با سه انجیل همنظر (متی، مرقس، و لوقا) متفاوت است. برخی از رویدادها و تعالیمی که از زندگی عیسی بدان اشاره شدهاست در سه انجیل دیگر نیامدهاست، بهگونهای که با مطالعهٔ آن، تصویر کاملتری از زندگی او بهدست میآید. یوحنا خودْ هدف خویش را از نگارش انجیل چنین بیان میکند: «امّا اینها نوشته شد تا ایمان آورید که عیسی همان <مسیح>، پسر خداست، و تا با این ایمان، در نام او حیات داشته باشید»
در این انجیل، ادعای الوهیت عیسی با روشنی بیشتری مورد تأکید قرار گرفتهاست. عیسی «کلام» خداست که «انسان خاکی» شد تا هر که به او ایمان آوَرَد، حیات جاویدان داشته باشد. یکی از ویژگیهای انجیل چهارم آن است که به خدمات عیسی پیش از گرفتار شدنِ یحیی اشاره میکند، حال آنکه سایر انجیلها خدمات عیسی را پس از این رویداد بیان میکنند.