کتاب پنجم، ۶ گفتار را در بر گرفته است که به ترتیب مشتمل‌اند بر ۴ باب، ۲۷ باب، ۳ جزو (که خود به ترتیب مشتمل‌اند بر ۵، ۱۰ و ۱۲ باب)، ۴ باب، ۱۳ باب و ۵ باب.
کتاب ششم، مشتمل بر ۲۱ گفتار است که به ترتیب مشتمل‌اند بر ۵ جزو (که خود به ترتیب دارای ۷، ۷، ۴، ۸ و ۲۱ باب می‌باشند)، ۷ جزو (که خود به ترتیب مشتمل‌ند بر ۷، ۲۹، ۳، ۱۳، ۱۰، ۵ و ۱۱
کتاب چهارم، درباره شناخت بیماری‌ها و پیشرفت و بحران و پیش بینی آینده بیماری است. کتاب پنجم، درباره تب‌ها و علت و نشانه‌ها و انواع و اقسام آن و روش درمان آنهاست.
ذخیره خوارزمشاهی بدون شک، حاوی مطالبی از تالیفات علی بن ربن طبری، رازی، اهوازی، اخوینی، ابن سینا و دیگر پزشکانی است که تا اواسط قرن پنجم هجری تالیف گردیده و جرجانی از آنها استفاده فراوانی برده و تمام تلاش او بر این بوده که به شیوه‌ای نگارش یابد که درخور فهم فارسی زبانان آن روز، اعم از خاص و عام باشد و نیازهای طبی و بهداشتی همگان را برآورده کند. خوشبختانه با کوشش فراوان و دانش بسیار، توفیق، رفیق راه او بود و اثری از خود به جای گذاشت که ازنقطه نظر ادبی در نثر دری، کم نظیر و ازنظر طبی، در حقیقت، یک دوره کامل دائرهالمعارف طبی است که حاوی همه موضوعات در رشته‌های پزشکی، از کلیات طب، تشریح، فیزیولوژی، علل بیماری و انواع درمان‌ها گرفته تا مسائل بهداشتی، از قبیل تعریف تندرستی، بیماری، بهداشت بدن، دستور غذایی و آشامیدنی و اموری که باید شخص در فصول مختلف سال انجام دهد یا اعمال طبی، از قبیل خون گرفتن و امثال آن، بهداشت کودکان و پیران و مسافران، پروراندن کودک، علامات بیماری‌ها و درمان آنها، اعمال جراحی و بهداشت، پوست و به کار بردن وسایل زینت، شناساندن زهرها و سم‌ها و درمان گزیدگی‌های حیوانی و مسمومیت‌ها بر اثر مواد و گیاهان و داروشناسی و داروسازی می‌باشد