این کتاب دارای چهل فائده است در مسایل کلامی، فلسفی، منطقی، اصول فقه و عبادات. مولف آن را برای قطبالدین محمدشاه دکنی ساخته و در دیباچه این کتاب گوید: «چون این رساله در طری یقه خاصه بمنزله کتاب اربعین فخر رازی است در طریقه عامه مرتب بر چهل فائده شد». : در فائده اول دانشمندان را به ۶ فرقه تقسیم کرده اشراقیان، صوفیان متشرع، مشائیان، کلامیان، پیروان معصومین و تنها فرقه آخر را بر صواب دانسته. در ذیل این فائده تاریخچه آغاز رواج علم اصول فقه و روش فلسفی و نظری را در اصول عقائد پس از کلینی، و تحولات آن را تا زمان علامه حلی و پس از علامه تا زمان استاد خود میرزا محمد استرآبادی (البته براساس معتقدات خود) شرح داده. وی علامه را پایهگذار و مروج طریقه مرکبه (خلط بین طریقه و نقلی در کلام و در اصول فقه) میشناسد و روشی را که او در باب تقسیم احادیث به ۴ قسم ابداع و شیوهای را که در تصحیح و جرح و تعدیل اخبار و اجماعات اتخاذ کرده و بعدها مورد پسند شهید ثانی و شیخ علی کرکی و دیگران قرار گرفته، بغفلت منسوب داشته و در بیان آغاز پیکار خود با مجتهدان میگوید: «پس ایشان (یعنی میرزا محمد استرآبادی) بعد از آنکه جمیع فنون احادیث را به فقیر تعلیم کردند اشاره کردند که - احیاء طریقه اخباریان بکن و شبهاتی را که معارضه با آن طریقه دارد، رفع کن؛ مرا این معنی بر خاطر میگذشت لیکن رب العزه تقدیر کرده بود که این معنی بر قلم تو جاری شود- پس فقیر بعد از آنکه جمیع علوم متعارفه را از اعظم علماء آن فنون اخذ کرده بودم در مدینه منوره سر به گریبان فکر فرو میبردم... تا آنکه به توفیق رب العزه... به اشاره لازم الاطاعه امتثال نمودم و به تالیف فوائد مدینه موفق شدم و به مطالعه شریف ایشان رسید». استرآبادی در این کتاب از قطب رازی قوشچی و گرگانی به خوبی یاد کرده و بر دوانی و صدر دشتکی تاخته و هرجا مناسبتی پیش آمده از تعرض و طعن بر دوانی و صدرالدین شیرازی دریغ نداشته و به تکرار آن دو را مخرب دانشها متظاهر و مرائی و افکار آنان را نادرست و واهی و خیالات فاسد خوانده است. وی در یک جا گوید: «منطق و حکمت و کلام... به برکت افکار صحیحه سلطان المحققین نصیر المله و الدین و انظار مستقیمه قطب المله و الدین و در نتیجه تنقیح سید المحققین... جرجانی و مولانا علی قوشجی تنقیح تمام یافته بود و چون نوبت... به ین دو مشکک مستعجل متخاصم حریص در تخریب کلام قوم به قصد تحصیل جاه و شهرت در میانه عوام رسید، طرفی از منطق و اکثر حکمت و کلام را حرکت قهقرائی به خلاف صواب دادند و فاضل دوانی میخواست به وسیله رد کلام محققین رئیس محققین شود و در واقع همگی افکار او واهی است چنانکه در این رساله و در فوائد مدنیه بیان کردهایم» در دنباله سخن بالا، عقیدهای که درباره چند کتاب اظهار داشته جالب است: «از چند چیز که نزد اهل تحقیق، تحصیل آن شبیه است به اینکه شخص تفحص کند کاهدانی را به قصد آنکه سوزن گم شده یابد، یکی از آن فن معمی، دیگری کافیه ابن حاجب در نحو دیگری شرح جامی، دیگر حواشی دنیه دوانیه بر شرح جدید تجرید و بر حواشی مطالع و تهذیب منطق و فقیر به قصد هدایت خلق اظهار این معنی کرد». : در ذیل فائده شانزدهم سخن دیگر مانند این سخن دارد که جالب است: «دو کتاب است که در بلاد عجم تعلیم و تعلم آن شایع شده یکی شرح جامی بر کافیه ابن حاجب و یکی حواشی دوانی بر شرح تجرید و با آنکه اکثر فضلای عجم ادراکات عالیه دارند عایق ایشان از تحصیل حق، این دو کتاب است». : پس از این برنامه خاصی برای تحصیل علوم پیشنهاد کرده است (ص ۳۲). : در فائده ۲۴، حدیث معروف منقول از حضرت سجاد (ع) را که (سوره توحید نازل شد برای مردم آخر زمان که افکار عمیق دارند) چنین معنی کرده است: مردم آخر زمان در اثبات توحید به دلیل نقل مانند سوره توحید اکتفا خواهند کرد. : در فائده سیم در باب صفات ذات و صفات فعل سخن گفته و اراده و علم و کلام را از صفات فعل دانسته در فائده ۳۸ تمام دعاء کمیل را نقل کرده (به مناسبت سخن درباره خلود کفار) و فائده ۴۰ نیز در ادعیه و عبادات است. : استرآبادی در دانشنامه از فوائد مدنیه و حواشی خود بر کافی به تکرار یاد کرده. نسخهای از این کتاب در کتابخانه رضوی، دانشکده حقوق و سپهسالار موجود است.