انشای اولین نسخهٔ «مکتوبات» را آخوندزاده به زبان آذری در سال ۱۸۶۳ آغاز و ظرف کمتر از دو سال به اتمام رساند. سپس با همراهی مستشارالدوله متن را به پارسی برگرداند و در ادامه با همیاری یکی از دوستانِ روسی‌زبان خود متن را به روسی ترجمه کرد.
از همان ابتدای امر آخوندزاده درصدد چاپ کتاب برآمد اما زبان گزنده و محتوای تند و آتشین «مکتوبات» اجازه نمی‌داد احدی جرئت و جسارت کتابت و چاپ آن را داشته باشد. با تمام تلاشی که آخوندزاده و دوستانش انجام دادند نتوانستند کتاب را به چاپ برسانند و تنها نسخه‌های دست‌نویس این کتاب، توسط دوستان و آشنایان آخوندزاده پخش و مطالعه می‌شد. بدین ترتیب آخوندزاده تا پایان عمر خود نتوانست رؤیایِ انتشار کتاب «مکتوبات» را به حقیقت مبدل سازد. با گذشت نیم قرن از مرگ او، برای اولین بار و در سال ۱۹۲۴ متن ترکی کتاب از سوی «کمیته الفبای جدید» در باکو به چاپ رسید. در سال ۱۳۵۰(۱۹۷۱ م) نســــخهٔ پارسی کتاب در ایران به همت باقر مؤمنی منتشر شد. این انتشار به‌صورت زیرزمینی و در ۵۰۰ نسخه صورت گرفت. در سال ۱۳۶۴ انتشارات مــــــرد امـــــــروز با افزودن مـــقدمه‌ای به قلم م. صبحدم «مکتوبات» را با حذف مقدمهٔ باقر مؤمنی، افست و در خارج از ایران به چاپ رساند. «مکتوبات» با مقدمه‌ای از بهرام چوبینه، در سال ۱۳۸۵ توسط انتشارات البرز مجدداً افست و انتشار یافت. در سال ۱۳۹۵ علی‌اصغر حقدار محقق و مشروطه پژوه معاصر بر اساس نسخهٔ خطی مکتوبات محفوظ به شماره ۱۱۲۳ در کتابخانهٔ ملی اقدام به تصحیح و انتشار مکتوبات نمود. لازم به ذکر است کتاب منتشرشده توسط آقای حقدار نسبت به چاپ آقای مؤمنی دارای تفاوت‌های اساسی بوده و قیودی که بــــعدها میرزا به متن مکتــوبات افزوده در چـــــاپ آقای حقدار مندرج نگردیده و صرفاً پیاده‌سازی مـــتن نسخهٔ ۱۱۲۳ می‌باشد.
متن کتاب حاضر بر اساس نســــخهٔ چاپی آقای باقر مؤمنی -که متأسفانه شاید به دلیل انتشار زیرزمینی و محدودیت‌های چاپی با اشتباهاتی در حروف‌چینی و متن همراه است- تهیه و مورد بازبینی اساسی قرار گرفته است. برای انجام این کار متن کتاب از ابتدا تا انتها کلمه به کلمه نمونه‌خوانی شده و ضمن رفع اشکالات چاپی، در بازخوانی متن هر جا واژه یا جمله‌ای نامــــــــفهوم بود با مراجعه به نســـــخهٔ نشر علم چاپ ۱۹۸۵ باکو و نسخهٔ ۱۱۲۳ کتابخانهٔ ملی، مورد تدقیق قرار گرفته و بازنویسی شد. متون عربی، اعــــراب‌گذاری و تــرجمهٔ آن‌ها درج شد. معانی لغاتِ دشوار متــن به انتهای کتاب پیوست گردید. همچنین با توجه به اهمیت بسیار زیاد قیودی که میرزا فتحعلی به‌مرورزمان خود به متن مکتوبات افزوده و مکمل کتاب بودند، این قیود با علامت + و با فونت کوچک‌تر از حالت زیرنویس خارج و در متن کتاب قرار گرفتند. ازآنجایی‌که نسخهٔ چــاپی «مکتوبات» به تصحیح باقر مؤمنی بسیار کــمیاب و دســــترسی بــــه آن تقریباً ناممکن می‌نماید، مقـــدمهٔ ایشان کــه در آن کــتاب چاپ‌شده بود، عیناً در این کتاب نــیز درج گردید.
بدین ترتیب دارندگان کتاب حاضر، متن کامل و صحــیح کتاب «مکــــتوبات» را در اختیار دارند. عـــــــلاوه بر این، جهت بهره‌گیری بیشتر خــــوانندگان، متنِ زندگی‌نامهٔ میــرزا فتحعلی بر اساس زندگی‌نامهٔ خـودنوشتِ او مـنتشره در کــتاب «الفبای جــدید و مکتــوبات» بـــه ابتدای کتاب افـــزوده گــــــردید. از خـــــوانندگان بـزرگوار کتاب تقاضا دارم تا مـــوارد نقصان احــــــتمالی را با ناشر در میان گذاشته تا در چاپ‌های بعدی اصلاح گردد.