دو قرن سکوت کتابی درباره سرگذشت ایران در دو سدهٔ نخست پس از سلطهٔ اعراب است. نام کتاب به خفقان و سکوت حاکم بر ایران در آن دو قرن اشاره دارد.«دو قرن سکوت»، تاریخ حوادث سیاسی و اجتماعی ایران است در دو قرن آغازین اسلام. آنچه در آن دو قرنی که از سقوط دولت ساسانی تا روی کار آمدن دودمان طاهریان (نخستین دودمان ایرانی پس از اسلام) بر ایران گذشت. تاریخ این دو قرن ایران را، پیش از این نویسندگان و تاریخ‌نویسان به اجمال و اختصار بیان کردند و فقط به ذکر این مطلب اکتفا کردند که در تمام مدت این دو قرن، ایران در زیر سلطه تازیان بود و چنان تحت استیلای اعراب قرار داشت که مردم ایران حتی خط و زبان خود را فراموش کردند. در صورتیکه که این دو قرن روزگار انقلاب‌ها و کشمکش‌های مهم بوده‌است. قیام‌های بزرگ در طی آن پدید آمده‌است و حوادث مهم و شگرف بی‌نظیری مانند جریانات ابومسلم و مقنع و بابک و مازیار و افشین در این روزگار به صحنه حوادث تاریخ ایران پای نهاده‌است. عقاید و افکار تازه مانند آیین شیعه و زیدیه و نهضت‌های مهم مانند نهضت شعوبیه و سیاه جامگان و سپید جامگان و سرخ جامگان در این روزگاران روی نموده‌است.

دو قرن سکوت نخست به صورت پاورقی در نشریه «مهرگان» ارگان «جامعه لیسانسیه‌های دانشسرای عالی» چاپ شد. سپس در سال۱۳۳۰ برای نخستین بار به صورت کتاب توسط همان نهاد منتشر شد.
پس از نخستین انتشار در زمان پهلوی دوم، به سرعت چاپ اول «دو قرن سکوت» نایاب می‌شود. دکتر زرین‌کوب به تجدید چاپ رضایت نمی‌دهد تا در فرصت مناسب به تجدید نظر دربارهٔ کتاب بپردازد. زرین‌کوب جوان، پنج سال وقت و انرژی صرف می‌کند و منابع متعدد را از دیده می‌گذارند تا در اردیبهشت ۱۳۳۶ متن گسترش یافته و تجدید نظر شده اثر از سوی انتشارات امیرکبیر منتشر می‌شود. او در مقدمهٔ ویرایش دوم، برخی از انتقادات ویرایش اول کتاب را ناشی از جوانی و تعصب خود در آن هنگام می‌داند.
از فروردین ۱۳۳۶ متن «دو قرن سکوت» از چاپ دوم به بعد تغییر نکرد و چاپ‌های بعدی بر پایهٔ همین متن انجام شده‌است. «دو قرن سکوت» پس از انقلاب بطور رسمی توسط انتشارات جاویدان منتشر شد که هفته بعد از انتشار جمع‌آوری شد. سرانجام پس از گذشت بیست سال از پیروزی انقلاب، کتاب «دو قرن سکوت» مجوز چاپ گرفت و انتشارات سخن، چاپ نهم آن را منتشر کرد. در ابتدای این کتاب نقد مطهری بر این کتاب که بخشی از کتاب «خدمات متقابل ایران و اسلام» بوده‌است عیناً آورده می‌شود که به تحلیل‌های زرین کوب (برای قابل چاپ شدن کتاب و اخذ مجوز وزارت ارشاد) پاسخ داده شده‌است.