سید محمدباقر برقعی افزون بر مدیریت و تدریس در بخش آموزش، اقدام به چاپ چند جلد کتاب درسی از جمله دستور زبان فارسی کرد که اداره فرهنگ آموزش و پرورش قم تدریس آن را طبق بخشنامهای به مدارس شهر توصیه کرد و این کتاب بارها تجدید چاپ شد. وی همچنین کتاب راهنمای نویسندگی در دو جلد برای تدریس در دوره دبستان و دبیرستان و سپس کتاب فرهنگ دانشجو را تألیف کرد. در این فرهنگ لغات متون کهن فارسی از قبیل لغات کلیله و دمنه و گلستان و اسرار التوحید و اخلاق ناصری را به فارسی امروزی تهیه و تنظیم کرده است.