شرح محمد نعیم بر مثنوی، صبغه عرفانی دارد و او کوشیده است ابیاتی را که به نظرش دشوار بوده، در قالب تأویلات عرفانی و گاه با استناد به روایات و نیز اقوال مشایخ صوفیه و منابع عرفانی چون فتوحات ابن عربی تشریح کند و گاه تأویلات و تفسیرهایی خلاف تفسیرهای مشهور ارایه میکند.