پیش بینی ساختار دوم آر ان ای (RNA) یکی از حوزه های مهم بیوانفورماتیک می باشد و روش های مختلفی برای آسانتر کردن تعیین ساختار RNA ارائه شده است. RNA یک نوکلئیک اسید می باشد که در ساختار سلول موجودات زنده نقش های مهمی بر عهده دارد. دانستن ساختار RNA نقش بسیار تعیین کننده ای در فهمیدن کارکرد یک رشته RNA دارد. تعیین ساختار دوم رشته RNA بوسیله روشهای مختلف کامپیوتری به طور متوسط سریع تر و ارزان تر از روش های آزمایشگاهی است. این پایان نامه بر آن است الگوریتم SetPSO را که یک الگوریتم بهینه سازی بر پایه کار با مجموعه هاست و از رویکرد مینیمم سازی سطح انرژی استفاده می کند, برای پیش بینی ساختار دوم مولکول RNA معرفی کند.
فهرست :
فصل اول : مختصری راجع به مولکول RNA
ساختار شيميايی نوکلئيک اسيدها
ريبو نوکلئيک اسيد يا RNA
پروتئين سازی, مهمترين وظيفه RNA
رونويسی
ترجمه
ساختار اول RNA
ساختار دوم RNA
مولفه های ساختار دوم RNA
نحوه نمايش ساختار دوم RNA
ساختار سوم RNA
مشخص کردن ساختار طبيعی مولکول RNA
رويکرد مقايسه ای
رويکرد مينيمم سازی سطح انرژی
رويکرد گرامرهای مستقل از متن
قوانين ترموديناميکی و مدل های مختلف ترموديناميکی
فصل دوم : الگوريتم SetPSO
الگوريتم PSO
SetPSO
فضای مساله و موقعيت ذرات
عملگر جمع
عملگر تفريق
عملگر فاصله
الگوريتم SetPSO
مقدار دهی اوليه به ذرات
تغيير سرعت ذرات
به روز رسانی وضعيت ذرات
پارامترهای الگوريتم SetPSO
Closing probability
Random add probability
ضريب بی نظمی
ميزان تنوع
فصل سوم : پيش بينی ساختار دوم SetPSO با استفاده از الگوريتم RNA
نمايش ذرات
پيدا کردن استم های ممکن در يک رشته و تشکيل مجموعه فراگير U
مقدار دهی اوليه به ذرات
روند اجرای الگوريتم در يک نگاه
پيچيدگی محاسباتی
نتايج به دست آمده
واژه نامه
منابع و مراجع